С 1 января 2008 года департаменту здравоохранения Краснодарского края передаются полномочия по контролю за соответствием качества оказываемой медицинской помощи установленным федеральным стандартам в сфере здравоохранения и лицензированию медицинской деятельности, фармацевтической деятельности и деятельности, связанной с оборотом наркотических средств и психотропных веществ.
Как сообщает официальный сайт департамента, полномочия переданы в соответствии с Федеральным законом от 29 декабря 2006 г. N 258-ФЗ «О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации в связи с совершенствованием разграничения полномочий».